Nasce nel villaggio di Dombrovka, distretto di Kamenec, governatorato di Podol’sk. Conclude gli studi presso il seminario di Žitomir. Nel 1915 viene ordinato sacerdote cattolico di rito latino. Esercita il ministero presso la chiesa cattolica del villaggio di Chabnoe, regione di Kiev. Qui è arrestato verso la metà del 1929 con l’accusa di «attività controrivoluzionaria a favore della Polonia, di aver creato dei gruppi del movimento “Rosario vivo” e di aver aiutato un agente dello spionaggio polacco». Il 12 maggio 1930 viene condannato a 10 anni di lager. Nel maggio dello stesso anno è trasferito alla prigione politica di isolamento di Jaroslavl’. Nel luglio 1933 è inviato alle isole Solovki. Nel 1937 viene arrestato in lager, operazione normale per coloro che erano destinati alla fucilazione.
Il 25 novembre 1937 padre Petr Madera viene condannato alla pena capitale. L’8 dicembre 1937 viene fucilato.